Wenn Du nur eine Zündspule hast, dann bekommen die Zünkerzen ihren Spannungsimpuls mit unterschiedlicher Polarität. Wenn nun die Elektronik der Pistole eine bestimmte Polarität favorisiert (was sie nicht sollte), dann kann das von Dir beobachtete schon passieren. Dreh mal den Abnehmer rum, denn wenn der ein Induktiver ist, dreht sich dann auch das Signal für die Pistole um und sie sollte dann am rechten Zylinder funktionieren.
Es könnte aber auch ein Problem mit der rechten Zündkerze sein: z.B. ein zu geringer Elektrodenabstand oder starke Verschmutzung. Dann bekommt der Abnehmer nicht genug Spannung ab und wenn nun wiederum die Elektronik der Pistole nicht empfindlich genug ist, dann geht nix.